No caminho, os 6 são atacados por um urso polar, que Sawyer mata com tiros. Quando eles finalmente ligam o transceiver, eles descobrem que o sinal está bloqueado por uma transmissão de uma voz feminina falando em francês, na qual Shannon traduz como: "Eu estou sozinha agora, sozinha na Ilha. Por favor, alguém venha. Os outros estão mortos. Aquilo os matou. Matou todos." A mensagem, de trinta segundos, repete, e repete, com um contador que implica que ela está se repetindo há 16 anos e 5 meses (segundo o cálculo de Sayid). Junto das últimas palavras do piloto, isso acaba com as esperanças desses 6 sobreviventes de serem resgatados. As novidades se espalham pelo acampamento nos primeiros dias.
Quando a comida começa a acabar, John Locke, lidera um grupo para caçar javalis. Michael Dawson e Walt Lloyd, pai e filho discutem por causa da amizade do menor com Locke. No sexto dia, uma mulher, Joanna, se afoga, após Boone (tentando mostrar seu valor) e Jack tentarem salvá-la. No mesmo dia, Jack entra na selva numa busca espiritual, quando ele começa a ter visões de seu pai morto, Christian. Nessa busca, o conflito de Jack e Locke entre Ciência e Fé começa. Eventualmente, o grupo se divide em 2, quando uma pequena parte dos sobreviventes se muda para as cavernas procurando água e proteção. Os demais, ficaram na praia, esperando o resgate, e arrumando um novo acampamento, após o aumento da maré. Jack se torna o verdadeiro líder. Intensas rivalidades emergiram quando desacordos por causa dos suprimentos se tornam problemas, especialmente entre Jack, Sayid e Sawyer. Sawyer, acidentalmente é esfaqueado por Sayid, que decide ir mapear a Ilha, e sai do acampamento envergonhado.
Sayid acha um cabo vindo do oceano e indo para a floresta. Quando ele segue o mesmo, ele encontra com Danielle Rousseau, a mulher francesa que havia mandado a mensagem de 16 anos. Ela lhe conta sua história, e tenta mantê-lo como refém, mas ele consegue escapar, com um conhecimento bastante rico sobre um grupo de habitantes da Ilha, os Outros, que sequestraram a bebê de Danielle. Hugo Reyes, o conhecido Hurley (que tentou transformar a vida na Ilha o mais confortável o possível), conduz um censo dos sobreviventes, e descobre que um deles, Ethan Rom, não está na lista de passageiros.
Ethan, em desespero, sequestra Charlie e a grávida, Claire Littleton, mas ele pendura Charlie em uma árvore, já que Claire era quem os Outros queriam. Duas semanas depois, Locke e Boone encontram-na, completamente confusa, e com amnésia. Isso inicia muitos confrontos entre os sobreviventes e os Outros, que matam Scott, para mais tarde Charlie matar Ethan, por vingança. Os encontros com urso polares, o Monstro e Danielle Rousseau aumentam o medo dos sobreviventes. Com o medo, a violência também cresce, mas por sorte, o grupo é mantido unido por conta de seu líder Jack, e sub-líderes Kate, Sayid e Hurley, junto do distante Locke, que parece ter um papel importante entre os sobreviventes, além de brigas com Jack. Além deles, o jovem casal Charlie e Claire também se tornam importantes, assim como Boone.
Entretanto, Locke e Walt criam uma amizade e Locke começa a ensinar Walt a manejar facas, deixando Michael mais nervoso ainda. Sayid, após sua volta do acampamento da francesa, começa a formar uma relação amorosa com Shannon. Ainda entre os sobreviventes há um casal, de coreanos, Sun e Jin Kwon. Com o tempo, Sun revela que fala inglês, causando uma briga entre os dois.
Durante a procura por Claire, Locke descobre uma misteriosa escotilha na selva, sem alça, e se torna obsessivo para descobrir o que possa ter dentro dela. Junto de seu “cúmplice”, Boone, eles passaram muitos dias cavando-a do solo, imaginando o que havia dentro dela. Explorando a Ilha (seguindo uma visão de Locke), os dois descobrem um bimotor, alojado em um barranco. Boone sobe nele, e entra no avião. Ele encontra, um rádio e manda uma mensagem. Uma voz masculina responde: "Tem alguém aí?" e Boone responde, "Nós somos sobreviventes do Voo Oceanic 815." O homem estranhando, "Nós somos sobreviventes do 815." Então o Beechcraft cai do barranco e deixa Boone muito ferido. Locke leva-o de volta às cavernas, mas Jack, após muitas tentativas, e inclusive uma transfusão sanguínea, não consegue salvar Boone, que morre. Enquanto isso, Claire entra em trabalho de parto, com Kate realizando-o. Michael, decide fazer uma jangada, para sair da Ilha, com seu filho Walt, que coloca fogo nela. Mas Michael não desiste, e termina a 2ª jangada. Michael e Walt, junto de Sawyer e Jin partem no 44º dia. Na sua primeira noite no mar, eles são surpreendidos por um pequeno barco. Mas, para seu azar, são quatro Outros, que foram com a missão de levar Walt com eles. No caos, a jangada é destruída, Sawyer leva um tiro, Jin desaparece no mar e Walt é sequestrado.
Shannon tenta matar Locke, ao achar que ele matou seu irmão, mas é impedida por Sayid. Ainda no 44º dia, Rousseau, avisa que os Outros vêm para matar os sobreviventes e lidera uma parte deles até o Black Rock, um navio naufragado na Ilha, contendo dinamite, para abrir a escotilha. No caminho, eles são seguidos por uma fumaça preta, que Danielle chama de "sistema de segurança." Os demais sobreviventes, ficam nas cavernas. Jack e Locke trazem a dinamite até a escotilha para abri-la a força e entrar nela. O plano funciona e a temporada termina com ambos olhando o túnel da escotilha.

Sayid / Naveen Andrews
Foi oficial de comunicações do exército iraquiano e torturou prisioneiros – o que prometeu nunca mais fazer na vida, mas volta a fazer na ilha. É sensato e inteligente, geralmente o ponto de equilíbrio entre Jack e Locke. Envolve-se num relacionamento com Shannon, que acaba morrendo em seus braços.

Sawyer / Josh Holloway
Mau-caráter, vivia de dar golpes em mulheres ricas. Tem sempre uma resposta sarcástica na ponta da língua e faz questão de não ser gentil com absolutamente ninguém. Tem uma atração por Kate e vive uma disputa velada com Jack. Sua história é triste: quando criança, viu o pai matar a mãe e se suicidar.

Hurley / Jorge Garcia
Já esteve internado em um hospício, onde conheceu um homem que repetia os números (4, 8, 15, 16, 23, 42) sem parar. Jogou os números na loteria, ficou milionário, mas coisas ruins começaram a acontecer com todos que o cercavam. Na ilha, é um boa-praça com quem todo mundo simpatiza. Dude!

Michael / Harold Perrineau Jr.
Perde a guarda do filho Walt ainda bebê e só vai reencontrá-lo vários anos depois, quando a mãe do menino morre. Na ilha, tem dificuldade em construir um relacionamento com Walt e fica obcecado em resgatá-lo quando ele é levado pelos Outros. No fim da segunda temporada, conseguiu reaver o filho e acabou partindo da ilha com ele.

Walt / Malcolm David Kelley
Filho de Michael, com quem nunca tinha convivido, vivia na Austrália com a mãe e o padrasto. A mãe morre e o pai vai buscá-lo para levá-lo EUA. Parece ter algum tipo de poder paranormal. Seqüestrado pelos Outros no fim da primeira temporada, é entregue por eles a Michael no último episódio da segunda, saindo da ilha com o pai.

Claire / Emilie de Ravin
Quando caiu na ilha, a australiana estava grávida de oito meses. Tinha ido consultra um vidente, que lhe deu uma passagem para que ela fosse aos EUA encontrar com um casal que adotaria o bebê. Foi seqüestrada pelos Outros, que queriam a criança, mas escapou. O bebê Aaron nasceu na ilha.

Charlie / Dominic Monaghan
Católico fervoroso na adolescência, o inglês Charlie formou a banda Driveshaft com seu irmão, Liam, e acabou conhecendo um pouco da fama e de seus perigos, viciando-se em heroína. Na ilha, com a ajuda de Locke, livrou-se do vício. Tem uma paixão platônica por Claire. Charlie morre na Estação Espelho depois que Bakunin joga uma granada na estação subaquática.

Sun / Yunjin Kim
É coreana e escondeu por um bom tempo de todos – inclusive do marido, Jin – que falava inglês. Calma e equilibrada, sempre pronta a ajudar. Planejava deixar seu marido e fugir para os EUA, mas desiste na última hora. Na ilha, descobre que está grávida.

Jin / Daniel Dae Kim
Coreano, não fala inglês e precisa de sua mulher, Sun, para poder se comunicar com os outros sobreviventes. De origem pobre, passou a fazer trabalhos sujos para o sogro rico e poderoso depois de se casar – o que acabou abalando a relação com a esposa. Aparenta ter um gênio difícil, mas no fundo é um homem de bom coração.

Jin / Daniel Dae Kim
Coreano, não fala inglês e precisa de sua mulher, Sun, para poder se comunicar com os outros sobreviventes. De origem pobre, passou a fazer trabalhos sujos para o sogro rico e poderoso depois de se casar – o que acabou abalando a relação com a esposa. Aparenta ter um gênio difícil, mas no fundo é um homem de bom coração.

Tom / M.C. Gainey
É quem seqüestra Walt e parece ser leal ao líder dos Outros, Ben. Também raptou Kate e trocou-a pelas armas dos sobreviventes. Aparece como um barbudo maltrapilho para os sobreviventes, mas é apenas disfarce. É morto por Sawyer depois de participar do ataque aos sobreviventes no final da 3ª temporada.

Boone / Ian Somerhalder
Apaixonado pela meia-irmã Shannon, que o desprezava. Se aproxima de Locke, e juntos encontram a escotilha e o bimotor nigeriano – que despenca com Boone dentro e acaba causando sua morte.

Danielle Rousseau / Mira Furlan
A misteriosa francesa vive na ilha há 16 anos, desde um acidente com o barco de uma expedição da qual fazia parte. Grávida, teve uma filha, Alex, que foi seqüestrada pelos Outros. Parece meio maluca, mas mostra ser de confiança.

Ethan / William Mapother
O integrante dos Outros se misturou aos sobreviventes para seqüestrar Claire, mas ela acabou escapando. Num flashback, descobrimos que ele era uma espécie de médico. Foi pego em uma emboscada e morto a tiros por Charlie.

Rose / L. Scott Caldwell
Mulher de fé. Apesar de seu marido, Bernard, não estar no grupo de sobreviventes, garante a Jack que ele está vivo em algum lugar da ilha. E, de fato, ele está.

Shannon / Maggie Grace
Irmã postiça de Boone, com quem teve um envolvimento amoroso, era uma patricinha fútil e egoísta. No fundo, tinha um passado sofrido. Apaixonou-se por Sayid e sua história com o iraquiano mostrou o lado doce da loirinha. Foi morta acidentalmente por Ana Lucia.

Vincent / Madison
O cão de Walt é o mascote dos sobreviventes. E até mesmo o labrador da ilha carrega algum mistério, pois vira e mexe ele aparece em momentos cruciais da trama

Episódio 6 – "House of the Rising Sun" -> Sun revela um segredo chocante a Michael depois que ele é atacado por Jin. Locke fica sabendo do vício de Charlie. Os sobreviventes discutem sobre ficar na praia ou se mudar para as cavernas. Sun lembra os detalhes do relacionamento dela com Jin antes do vôo.
Episódio 7 – "The Moth" -> Locke ajuda Charlie com seu problema com as drogas. Sayid tenta triangular a transmissão da francesa. Jack está determinado a sair da praia e ir para as cavernas. A causa do vício de Charlie é revelada nos flashbacks.
Episódio 8 – "Confidence Man" -> Sayid é forçado a torturar Sawyer quando ele se nega a compartilhar os medicamentos que poderão salvar a vida de Shannon. Charlie tenta convencer Claire a se mudar para as cavernas. O flashback mostra o golpe que Sawyer tentou aplicar contra um casal.
Episódio 9 – "Solitary" -> Uma mulher misteriosa rapta Sayid, e conta a ele um fato perturbante sobre a ilha. Hurley monta um campo de golfe pra aliviar as tensões dos sobreviventes. Sayid lembra de seu encontro com um velho amigo durante sua epoca na Guarda Republicana.
Episódio 10 – "Raised by Another" -> Pesadelos fazem Claire achar que ela e seu filho estão em perigo. Hurley realiza um censo na ilha e descobre que alguem entre os sobreviventes não estava na lista de passageiros do avião. O flashback mostra que a visita de Claire a um vidente nao saiu bem como ela esperava.
Episódio 11 – "All the Best Cowboys Have Daddy Issues" -> Charlie e Claire são raptados, e alguns dos sobreviventes vão procurá-los. Na selva, Boone e Locke encontram algo escondido no chão. O flashback mostra Jack lidando com problemas de responsabilidade.
Episódio 12 – "Whatever the Case May Be" -> Quando Sawyer e Kate encontram uma maleta de metal, Kate faz de tudo para guardá-la pra ela. Rose tenta confortar Charlie, e Sayid recebe a ajuda de Shannon pra traduzir os mapas de Rousseau. Os flashbacks revelam o envolvimento de Kate em um assalto de banco.
Episódio 13 – "Hearts and Minds" -> Boone começa a questionar sobre o benefício de gastar tanto tempo na escotilha, o que faz com que Locke ponha Shannon aparentemente em perigo. Os outros sobreviventes começam a se questionar sobre o quanto devem confiar em Locke. A viagem não programada de Boone à Austrália é mostrada no flashback.
Episódio 14 – "Special" -> Michael briga com Walt por estar aprendendo a usar facas com Locke, e pede para ele ajudá-lo a juntar peças do avião pra construir um barco. Walt luta por sua vida quando algo o caça na selva. O flashback mostra o relacionamento de Michael com sua esposa no passado, e o encontro de Michael com Walt pela primeira vez, dez anos depois.
Episódio 15 – "Homecoming" -> Claire retorna ao acampamento, e Charlie e os outros sobreviventes estão determinados a não deixar Ethan pegá-la novamente. O flashback mostra a vida de Charlie depois do fim da banda.
Episódio 16 – "Outlaws" -> Sawyer, com a ajuda de Kate, caça um Javali que ele acredita o estar perseguindo. Hurley pede ajuda pra Sayid quando ele nota um comportamento estranho de Charlie. O flashback revela as intenções de Sawyer na Austrália.
Episódio 17 – "…In Translation" -> Quando Jin leva a culpa pelo incêndio do barco, Sun acaba ficando na obrigação de revelar seu segredo pra seu marido e para os outros sobreviventes. Sayid e Shannon começam a se aproximar cada vez mais. Jin lembra como fez para conseguir a aprovação de casamento do pai de Sun.
Episódio 18 – "Numbers" -> Hurley vai procurar Danielle quando ele reconhece uma série de números que ela escreveu repetidamente. Locke pede pra Claire ajudá-lo a construir algo, sem dizer o que é. Hurley lembra o que o levou à Austrália.
Episódio 19 – "Deus Ex Machina" -> Uma visão leva Locke e Boone para o meio da selva para achar um jeito de abrir a escotilha, o que resulta em consequências fatais. Kate pede pra Jack ajudar Sawyer com suas dores de cabeça. O flashback mostra Locke encontrando seus pais biológicos pela primeira vez.
Episódio 20 – "Do No Harm" -> Enquanto Jack tenta salvar Boone, Claire entra em trabalho de parto, e Kate acaba tendo que ser a parteira. Sayid prepara um encontro romântico surpresa para Shannon na praia. Jack lembra seu casamento com Sarah.
Episódio 21 – "The Greater Good" -> Locke reaparece no funeral de Boone, aumentando a tensão entre ele e Jack. Shannon pede pra Sayid vingar a morte de seu irmão, forçando-o a escolher entre seu amor e seus princípios. O flashback mostra o motivo inesperado que levou Sayid à Austrália.
Episódio 22 – "Born to Run" -> Quando Michael fica doente devido a um envenenamento na sua água, todos suspeitam de Kate. Locke mostra a escotilha a Sayid e Jack, que têm diferentes visões sobre o que fazer a respeito. Kate lembra do risco que correu pra tentar rever sua mãe.
Episódio 23 – "Exodus: Part 1" -> Danielle Rousseau avisa os sobreviventes que "Os Outros" estão vindo, fazendo o grupo acreditar que a escotilha é o lugar mais seguro pra estar. O barco está pronto pra ir ao mar.
Episódio 24 – "Exodus: Part 2" -> Alguns dos sobreviventes se encaminham à escotilha com o intuito de explodir a porta. Danielle sequestra o bebê de Claire, fazendo Charlie e Sayid irem atrás dela.
Episódio 25 – "Exodus: Part 3" -> Charlie e Sayid encontram o bebê de Claire que Danielle havia seqüestrado. A caminho da escotilha, o monstro fumaça aparece e agarra Locke, sendo que Jack o salva. A porta da escotilha é aberta com sucesso. Os sobreviventes no barco são interceptados pelos Outros. No final do episódio é apresentado o momento em que os sobreviventes entram no voô da Oceanic Airlines.